Доктор Паскаль — шестидесятилетний учёный, врач-новатор, из под его пера выходят медицинские труды. Он занимается врачеванием, используя собственные методы и даря надежду больным. Его интересуют вопросы наследственности. На примере собственной семьи он создает свою теорию наследственности, основываясь на данных составленного им генеалогического древа. Мать Паскаля, Фелисите, — восьмидесятилетняя женщина, наслаждающаяся своим положением и состоянием в обществе, оберегающая семейные тайны, которые могли бы очернить славу Ругонов. В 1851 году Ругоны спасли Плассан от анархии, способствуя признанию государственного переворота. Фелисите стремилась уничтожить труды сына, выставлявшие в дурном свете наследственность их рода.
Паскаль живёт вдали от цивилизации, в доме
с влюблённой в него верной прислугой Мартиной, и ученицей-племянницей,
двадцатишестилетней Клотильдой. Брат Клотильды, Максим, пятнадцать лет назад
в семнадцатилетнем возрасте стал отцом ребенка, которого родила прислуга, и которому
суждено было стать жертвой вырождения рода. Шарль был умственноотсталым, как и своя прабабка,
Аделаида Фук, которая вот уже двадцать лет находилась в доме для умалишенных в Тюлет. Шарль
был красив и грациозен, но на лице его читалась печать скорой смерти — следствия
вырождения.
Паскаль заболевает неизвестной болезнью, он чахнет, ведя аскетический образ жизни, он привык подавлять в себе страсти, и теперь он грезит о возлюбленной, дарующей ему неземное блаженство. Через некоторое время он понимает, что испытывает страсть к Клотильде, она отвечает ему взаимностью. Ослепленный страстью доктор тратит последние средства на щедрые подарки для возлюбленной, которые фактически разоряют его, одновременно нотариус, скрывшись, расстраивает его состояние.
Фелисите,
Тем временем дела Паскаля совсем расстроились, он был вынужден просить денег у клиентов, ранее ему задолжавших. Клотильда продала почти всё подаренное ей Паскалем, оставив лишь цепочку с жемчужинами.
У Максима, брата Клотильды, началась сухотка спинного мозга, он был
прикован к креслу и просил сестру приехать, чтобы ухаживать за ним. Фелисите,
не одобрявшая связи сына и внучки ратовала за то, чтобы Клотильда скорее уехала, порвав
связь с Паскалем, или чтобы те зарегистрировали брак. Паскаль переживал
Клотильда уезжает и спустя два месяца в письме сообщает
Паскалю о своей беременности. Паскаль безумно счастлив и в то же время обречён
на скорую смерть, он мечтает продлить хотя бы на год жизнь, чтобы увидеть своего
ребенка. Он шлёт телеграмму Клотильде, чтобы та скорее приехала. Клотильда поспешно
собралась и выехала, однако не успела застать Паскаля живым, с ним случился приступ,
и доктор Рамон, его ближайший друг, ничем не мог продлить его существования. Ночью Фелисите,
воспользовавшись царящей тишиной в доме, сжигает все труды учёного, которые хранили тайны
их наследственности и могли омрачить славу семьи. Клотильде удаётся спасти лишь
генеалогическое древо, на котором перед смертью Паскаль оставил последнюю отметку
о собственной кончине и примерной дате рождения его сына. Честолюбивая Фелисите спустя